Основой факультета была общеуниверситетская кафедра философии (кафедра диалектического и исторического материализма), открытая в 1947 году, заведующими которой были Павел Васильевич Копнин (1922-1971), после его отъезда в Москву в докторантуру в 1954-1956 году кафедрой некоторое время заведовал Анатолий Константинович Сухотин, в 1956-1970 году проф. Константин Петрович Ярошевский (1902-1979).
После защиты докторской диссертации А.К. Сухотин в 1970 году вновь стал заведовать кафедрой диалектического и исторического материализма (философии), из неё была выделена кафедра научного коммунизма, которую возглавляли сначала проф. К.П. Ярошевский, затем проф. Дмитрий Николаевич Приходько, на основе кафедры научного коммунизма позднее возникла кафедра политологии.
С сентября 1984 года по ноябрь 1987 года философское образование в ТГУ осуществляли две кафедры, на которые разделилась кафедра философии:
- кафедрой философии гуманитарных факультетов заведовал проф. Анатолий Константинович Сухотин;
- кафедрой философии естественных факультетов заведовал проф. Владислав Васильевич Чешев.
Приказом от 14 сентября 1987 года был открыт философский факультет.
Первым деканом в 1987 – 1990 г. был проф. Анатолий Константинович Сухотин; зам. декана была доц. Ольга Геннадьевна Мазаева (ответственная за специализацию по философии с 1978 года на историческом факультете после доц. Валерия Борисовича Родоса, готовившего к открытию эту специализацию и ответственного за неё в 1977 году).
С 1990 по 2005 г. деканом была проф. Маргарита Павловна Завьялова.
С 2005 г. по 2012 – декан проф. Сергей Сергеевич Аванесов.
С 2012 по 2014 г. декан — проф. Артём Юрьевич Рыкун.
С 2014 г. по 2018 г. исполняющий обязанности декана – проф. Евгений Васильевич Борисов.
С 2018 г. по настоящее время деканом является доц. Елена Валерьевна Сухушина.
В 1987 – 1990 год на факультете была одна специальность – «философия».
Факультет первоначально существовал в составе двух кафедр:
- кафедры истории философии и логики – зав. каф. проф. Анатолий Константинович Сухотин,
с 1994 по 2013 г. зав. каф. доц. Ольга Геннадьевна Мазаева;
с 2013 г. по настоящее время зав. каф. проф. Валерий Александрович Суровцев;
- кафедры философии гуманитарных и естественных факультетов – зав. каф. в 1987-1990 году проф. Юрий Владимирович Петров,
зав. каф. в 1990 — 2004 году – проф. Галина Ивановна Петрова, в 2001 году кафедра была преобразована в кафедру философии и методологии науки.
С 2004 года по настоящее время – зав. каф. проф. Ирина Васильевна Черникова.
В 1991 году из состава кафедры гуманитарных и естественных факультетов была выделена кафедра философии философского факультета, которая в 2001 году была переименована в кафедру онтологии, теории познания и социальной философии.
В 1991 – 1999 годах кафедрой заведовала проф. Маргарита Павловна Завьялова.
С 1999 года по настоящее время кафедрой заведует проф. Василий Николаевич Сыров.
В 1990 году на факультете открыта специальность – социология.
В 1991 году открыта кафедра социологии – зав. каф. доц. Николай Петрович Погодаев.
В 1992 – 1993 году – зав. каф. доц. Константин Михайлович Южанинов.
С 1993 года по 2010 г. – зав. каф. доц. Николай Васильевич Поправко.
С 2010 г. – зав. каф. доц. Виталий Викторович Кашпур.
В 1992 году на факультете была открыта специальность – политология.
Кафедра политологии была открыта в 1992 году, ею заведовал проф. Дмитрий Николаевич Приходько, а с декабря 1994 года по настоящее время – проф. Алексей Игнатьевич Щербинин. С 2018 года кафедра политологии вошла в состав Факультета исторических и политических наук.
С 1992 года началась подготовка к организации специальности – социальная работа .
Сначала были наборы на очно-заочную форму подготовки специалистов. В 1994 году был произведён первый набор на очное обучение по социальной работе.
В 1997 г. открыта кафедра социальной работы – зав. каф. доц. Константин Михайлович Южанинов, с 2004 года по 2009 — доц. Александр Александрович Быков, с 2009 по настоящее время — проф. Артём Юрьевич Рыкун.
В 2002 году открыта кафедра гуманитарных проблем информатики – зав. каф. доц. Галина Васильевна Можаева. Кафедра обеспечивает автономную магистерскую программу по гуманитарной информатике.
В настоящее время на философском факультете реализуются следующие образовательные программы:
Три программы бакалавриата:
- Философия,
- Социология,
- Социальная работа.
Пять программ магистратуры:
- Актуальные проблемы философии (направление подготовки «Философия»),
- Философия языка и социолингвистика (направление подготовки «Философия»),
- Философия и методология науки и техники (направление подготовки «Философия»),
- Социология управления (направление подготовки «Социология»),
- Социальная работа с семьей и различными категориями населения (направление подготовки «Социальная работа»).
Одна программа аспирантуры:
- Философия, этика и религиоведение.
В Томском государственном университете действуют два докторских диссертационных совета, учрежденных и возглавляемых сотрудниками факультета:
Диссертационный совет Д 212.267.01 по специальностям: 09.00.01 – онтология и теория познания; 09.00.03 – история философии; 09.00.11 – социальная философия.
Председатель: проф. Валерий Александрович Суровцев; ученый секретарь доц. Ирина Андреевна Эннс.
Диссертационный совет Д 212.267.17 по специальностям: 09.00.08 – философия науки и техники; 24.00.01 – теория и история культуры (по философским наукам).
Председатель: проф. Галина Ивановна Петрова; ученый секретарь: доц. Елена Григорьевна Аванесова.